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分子生物学 1985

β-珠蛋白基因组序列的酶促扩增,及用于镰刀型贫血诊断的限制位点分析

兰德尔·赛基、凯利·穆利斯 等

只用一轮轮加热与冷却,就把选定的一段 DNA 复制上十亿倍。

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In depth · the introduction

如果你能拿起一粒看不见的 DNA,仅靠一台会加热、会冷却的机器,在一个下午里把它复制出十亿份呢?

核心想法

PCR——聚合酶链式反应——是一种把某一段特定 DNA 反复复制、直到多得足以拿来研究的方法。你想要哪一段,就为它加上两个短短的「书签」(叫引物),一端一个;然后让试管在一组反复的温度里循环。

每一轮,都让那一段的数量翻一倍:1 变 2,2 变 4,4 变 8。听上去不多——可翻倍三十次,就把单个分子变成十亿有余。原本微量到看不见、测不出的痕迹,最后变得绰绰有余。

它是如何诞生的

这个想法,归功于加州西特斯公司的化学家凯利·穆利斯。据他说,1983 年的一个夜里,他在山路上开车时,念头忽然冒出来:复制一段 DNA,再复制那些复制品,让数目自己爆炸式增长。想法很简单,可要让它在实验室里真正跑起来,靠的是一支团队——而第一份发表的证明,出现在 1985 年一项镰刀型贫血检测之中,第一作者是兰德尔·赛基,穆利斯也在作者之列。

起初它很笨拙。他们用的那种复制 DNA 的酶,会被加热那一步杀死,于是研究者得一轮又一轮地打开每根试管,用手补加新鲜的酶。1988 年的解法,是从一种生活在滚烫温泉里的微生物身上「借」一种酶来——它不怕高温——于是整件事便能交给机器自己跑完。穆利斯凭这一想法获得 1993 年诺贝尔化学奖;而它之所以行得通,靠的是他身边的团队。

它为何重要

在 PCR 之前,研究某个特定的基因,往往意味着一场为「凑够材料」而进行的漫长搜寻。PCR 让 DNA 可以按需变得充足——这改变了它下游的一切。正因如此,一根头发、一滴陈血才能比对到某个人,一根拭子才能检出病毒,产前与遗传检测才成了常规,读取与编辑基因组才真正变得可行。

一个可以想象的画面

想象一台复印机,它只会复印一本厚书里的某一段——就是你用两张便利贴夹住的那一段。每印一遍,就复制那一段,然后你把复印件再放回去、再印。几遍之后,你就被这一段的复印件埋了起来,而书的其余部分被远远甩在后头。PCR 就是这台复印机,而「翻倍」,正是让这堆复印件长得如此飞快的原因。

一个可交互的 PCR 模型:三步示意图展示一轮循环——94°C 变性使双链分开,55°C 退火让引物各自结合,72°C 延伸由聚合酶补齐——一份拷贝由此变两份。一个滑块设定循环数,一幅对数刻度的图显示目标每轮翻倍,从一份拷贝一路攀升到千、百万、十亿。

它的位置

PCR 之所以行得通,全因沃森与克里克(1953)证明了 DNA 的两条链是互补的——每一条都能重建出另一条,而这正是复制那一步在做的事。它扩增的,是孟德尔最早推断出的那些隐藏的遗传单位。它也是本馆中更新近条目背后的日常主力:喂给 AlphaFold 的测序、由 CRISPR 完成的编辑,几乎都从一次 PCR 开始。

The original document
Original source text
R. K. Saiki, S. Scharf, F. Faloona, K. B. Mullis, G. T. Horn, H. A. Erlich & N. Arnheim · Science 230 (1985): 1350–1354
This paper presents a fast, sensitive prenatal test for sickle cell anemia — and, almost as a tool inside it, the first published description of the polymerase chain reaction. The method that became PCR is the paper's opening move, quoted here from the abstract.
From the abstract
Two new methods were used to establish a rapid and highly sensitive prenatal diagnostic test for sickle cell anemia.
The first involves the primer-mediated enzymatic amplification of specific β-globin target sequences in genomic DNA, resulting in the exponential increase (220,000 times) of target DNA copies.
The β-globin genotype can be determined in less than 1 day on samples containing significantly less than 1 microgram of genomic DNA.
How the amplification works (structural map)
Two short oligonucleotide primers are chosen to flank the β-globin segment of interest. Each cycle of the reaction has three steps: the DNA is heated so the double strand comes apart, cooled so a primer binds to each separated strand, and held warm while a DNA polymerase extends each primer into a full complementary copy. Because every new strand becomes a template in the next cycle, the segment between the two primers roughly doubles each round.
In this 1985 work the polymerase is the Klenow fragment of E. coli DNA polymerase I, which the heating step destroys — so a fresh aliquot of enzyme had to be added by hand at every cycle. Twenty-some cycles raise the chosen target by the ~220,000-fold the abstract reports.
[ … ]
In the second method, the amplified product is examined with an end-labeled oligonucleotide probe and a restriction enzyme: the sickle (βS) mutation alters a restriction site, so the digestion pattern reveals the genotype directly — normal, carrier, or affected — from the enriched DNA.
Cetus Corporation, Emeryville, California · 1985