蛋白质的结构:多肽链的两种氢键螺旋构型
按化学键的规则去折叠一条蛋白质链,一种形状便自然浮现:α 螺旋。
在任何人清楚地看见蛋白质之前,莱纳斯·鲍林就已在脑海里把一条蛋白质链折叠了出来——所凭借的,不过是化学键的规则。
核心想法
蛋白质是一条条由氨基酸串成的长链,要工作,它们必须折叠成精确的形状。1951 年,鲍林与同事们问了一个大胆的问题:如果严格遵从化学早已知道的规则——每根键有多长、每个连接有多硬、那种叫氢键的微弱吸引能在哪里形成——这条链能折出哪些形状?答案几乎是被逼出来的。有一种格外利落的形状反复出现:一种右手性的盘绕,像一道旋转楼梯,他们称之为 α 螺旋。盘绕的每一圈,都由氢键缝向下一圈,这让它结实而能自我支撑。
它是如何诞生的
多年以前,鲍林就握有那条关键线索:两个氨基酸之间的连接——肽键——是平的、刚硬的,不能自由扭转,原因在于它的电子被共享的方式。罗伯特·科里在加州理工的实验室里测出了氨基酸的精确形状,物理学家赫尔曼·布兰森把几何细节一一算清,鲍林则去寻找那样的盘绕:其中每一根氢键都恰好笔直、长度恰好。
剑桥的一支竞争团队,前一年也搜寻过,却失败了,因为他们假定每一圈必须含整数个氨基酸。鲍林放下了这个假定——他的螺旋每圈约三个半——结构于是一下子嵌合到位。据说,他有一部分是在生病卧床时想出来的:用手折着一条画出来的纸链,直到那些键彼此相接。
它为何重要
这是头一回,有人正确地预言了蛋白质形状中的一块;而当马克斯·佩鲁茨恰好捕捉到 α 螺旋所要求的那道 X 射线信号时,它几乎是当即被证实了。它表明,生命分子的形状,是从朴素的化学里推出来的——它还开创了那套搭建模型的方法,仅仅两年之后,这套方法就破解了 DNA 的结构。
一个可以想象的画面
想象一道由纸环搭成的旋转楼梯,扶手上的某一点,正好落在它下方一圈对应点的正上方。再想象一些小磁铁,只有当两个纸环正正地上下叠齐、且相隔四级时,才会「咔」地吸住。要把楼梯搭得让每块磁铁都吸住,唯一的办法,是让每一圈约含三级半——不是三级,也不是四级。那些磁铁,就是氢键;那道彼此咔住的楼梯,就是 α 螺旋。一旦沿着全长拉合,它便能自己撑住自己的形状。
它的位置
鲍林的 α 螺旋,以及他那套搭建模型的风格,两年后直接塑造了 DNA 双螺旋(见 watson-crick-1953);两者都是靠氢键维系的右手性盘绕。α 螺旋,是蛋白质形状那套字母表里的基本字母之一——而要预言一条氨基酸链如何把这些字母排布成一个完整的折叠,正是 AlphaFold(见 alphafold-2021)在七十年后终于解决的那个问题。