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生物学 2012

细菌适应性免疫中一种可编程、双 RNA 引导的 DNA 内切酶

马丁·伊内克、埃马纽埃尔·沙尔庞蒂耶、珍妮弗·杜德纳 等

用一小段 RNA 给细菌的防御酶重新编程,你就能切开你所选定的任何基因。

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In depth · the introduction

科学家把细菌用来抵御病毒的一套防御系统,变成了一把廉价、精准的「剪刀」,能找到并切开任何选定的基因。

把这个想法拆开看

细菌也有自己的免疫系统。当病毒来袭时,它们会把病毒 DNA 的一小段,作为一种「通缉照」存下来,再做出一条与之匹配的 RNA,引导一种切割蛋白——Cas9——在病毒再度来犯时,把那段一模一样的序列剁碎。那条引导 RNA,本质上就是一个「搜索词」,而 Cas9,就是那把刀刃。

它从哪里来

有许多年,CRISPR 只是细菌生物学里的一桩奇闻。真正的突破,在于意识到:你可以自己写这个搜索词。换上一条匹配你想要的任何基因的引导 RNA——无论是在一株植物、一只小鼠,还是一个人类细胞里——Cas9 就会前往那个三十亿字母基因组中的精确位点,剪上一刀。随后,细胞会试图修复这个断口,而科学家可以利用这一刻,把一个基因关掉,或者粘贴进一个修正过的版本。更早的基因编辑方法,意味着每针对一个目标,都要造一个复杂的、定制的蛋白。而 CRISPR 只需要一小段新的 RNA——便宜又简单,以至于世界各地的实验室几乎在一夜之间就采用了它,沙尔庞蒂耶与杜德纳也由此分享了 2020 年的诺贝尔化学奖。

它为何重要

CRISPR 让精准的基因编辑,成了普通实验室也触手可及之事,从而变革了生物学与医学。如今,它正被用来开发针对镰刀型细胞贫血等遗传病的疗法、培育更强健的作物,以及研究基因如何运作——这也正是它何以会引发关于「编辑人类生命」的严肃伦理之问。

是两道锁,而非一道

瞄准这把剪刀,并不像「任何地址」那么简单。Cas9 会先在 DNA 里查验一个小小的、三个字母的「口令」——一个「PAM」,也就是 NGG 这几个字母——它得紧挨在目标旁边。没有口令,就不切,哪怕引导完全匹配。然后,引导还得和 DNA 一个字母一个字母地配上对,而离口令最近的那一段里,只要有一个错配,就足以让它罢手。试着写一条引导,看 Cas9 如何决定切、还是不切。

一小段双链 DNA,上方是一条 20 个字母的引导 RNA。引导上的每个字母,与 DNA 目标配对处显示为绿色、不配对处显示为红色;紧邻目标之后,是一段被高亮的三字母 PAM(NGG)。当 PAM 存在、且靠近 PAM 的字母全部匹配时,一把剪刀会在 PAM 上游三个字母处标出一个平端切口。点击引导上的字母可将其更改,切换 PAM 则会让切口消失。

之后发生了什么

CRISPR 从实验室的工作台走向临床,快得惊人。2023 年,首个基于 CRISPR 的疗法获批,通过编辑病人自己的血细胞,治愈了一部分镰刀型细胞病患者。更新的版本,甚至不必把两条链都切断,就能改写单独一个 DNA 字母。也正是这种力量,让世界至今仍在争论:界线该划在哪里——尤其是围绕编辑胚胎,因为那样的改动,会传给未来的每一代。

The original document
Original source text
M. Jinek, K. Chylinski, I. Fonfara, M. Hauer, J. A. Doudna, E. Charpentier · Science 337 (2012): 816–821
The system
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) systems provide bacteria and archaea with adaptive immunity against viruses and plasmids by using CRISPR RNAs (crRNAs) to guide the silencing of invading nucleic acids.
Mechanism
We show that in a subset of these systems, the mature crRNA … forms a two-RNA structure that directs the CRISPR-associated protein Cas9 to introduce double-stranded (ds) breaks in target DNA. At sites complementary to the crRNA-guide sequence, the Cas9 … protein cleaves both strands.
Engineering a single guide
We engineered the two RNAs into a single RNA chimera and show that it directs sequence-specific Cas9 dsDNA cleavage. Our study reveals a family of endonucleases that use dual RNAs for site-specific DNA cleavage and highlights the potential to exploit the system for RNA-programmable genome editing.
Cas9 can be programmed using a single engineered RNA molecule … to cleave any dsDNA sequence of interest, providing a simple two-component system for targeted genome editing.
The full paper — with the biochemical cleavage assays, the mapping of the HNH and RuvC nuclease domains to the two DNA strands, the PAM dependence, and the guide-swap experiments that demonstrate programmability — is available at the source below.
Published online 28 June 2012