为何用药如此之多、之久？
治疗活动性结核不像治咽喉痛吃一周抗生素那么简单。标准治愈方案在强化期四药联用，随后再用两种药数月——通常总疗程六个月。经典的一线组合是异烟肼、利福平、吡嗪酰胺和乙胺丁醇。为何要如此周折？
- 多药同时使用：在任何庞大的结核菌群中，总有少数细菌天然对某一种药耐药。多药联用意味着每个细菌都面对它无法躲避的攻击。
- 长达数月：结核包含藏在肉芽肿内、缓慢而半休眠的细菌，它们只能被逐步杀灭，故需长疗程以清除最后的幸存者。
- 完成全程：大多数人数周内就感觉好转，远早于细菌被清除之时。过早停药是经典错误，会让耐药的幸存者重新繁殖。
耐药与直接督导治疗
当治疗中断、服药不规律或用药种类过少时，敏感的细菌死亡，而更顽强的耐药细菌却存活并繁殖。久而久之便催生出耐多药结核（MDR-TB）——对两种最重要一线药物耐药的菌株。耐多药结核治愈起来更难、更久、更昂贵，需要副作用更大的二线药物。耐药在很大程度上是治疗不彻底所造成的人为问题。
为使治疗不脱轨，公共卫生项目采用直接督导治疗（DOT）：由卫生工作者或受过培训的支持者看着患者吞下每一剂药。这听来简单，却能显著提高疗程完成率，既保护患者，也使社区免受耐药菌株之害。GeneXpert等快速检测在此也有助益，它能尽早提示耐药，使治疗从一开始就选对药物。
近亲：非结核分枝杆菌
结核并非唯一影响肺部的分枝杆菌。非结核分枝杆菌（NTM）是一个庞大的相关细菌家族，栖居于土壤、水和家庭管道中。它们在环境中无处不在，而且重要的是——与结核不同——它们一般不在人与人之间传播。
大多数健康人吸入又呼出NTM而毫无问题。但在已有肺损伤的人身上——例如患有支气管扩张或长期气道疾病者——NTM可引起缓慢的慢性肺部感染。由于NTM与结核一样呈抗酸性，涂片阳性无法将两者区分；这正是分子鉴定与培养鉴定之所以重要的原因之一。在痰中发现NTM并不自动意味着患病——医生必须权衡症状、影像与多次取样，方能决定是否治疗。