为何发现路线在放大时通常失败
药物化学家用来制备几百毫克的路线，是为*速度和灵活性*而优化的，而非为公斤级。当候选药物推进到临床前研究和试验时，必须有人可重现且安全地制备多得多的原料药。这是工艺化学的工作，而它几乎总意味着重新设计路线，而非把旧路线简单地放大。
工艺化学家优化的目标
- 安全——消除或控制危险试剂（叠氮化物、强氧化剂），并在放大前表征每一处放热。
- 稳健性——偏好对温度、化学计量和时间有宽容度的步骤，让工艺能在真实工厂中存活。
- 用结晶而非色谱纯化——设计能干净结晶的中间体，以控制杂质。
- 成本与绿色——削减步骤、尽量替换贵金属催化剂，并减少溶剂和废物。
步数极其重要。在放大时，一条更短、更汇聚、各步高产率且以结晶控制的路线，永远胜过一条巧妙的长路线。工艺化学家还会重新审视手性的设定方式：一个早期的不对称催化步骤，若能避免浪费的后期拆分，便可彻底改变单一对映体药物的经济性。
质量、杂质与 GMP
进入人体的物料必须在[[med-good-manufacturing-practice|药品生产质量管理规范]]（GMP）下制备，步骤须有记录、经验证、可重现。一个核心关切是杂质谱：每一种试剂、副产物，尤其是任何遗传毒性杂质，都必须控制到严格的限度。一条在终产物中残留痕量致突变烷化剂的发现路线，对原料药是不可接受的，即便该终产物纯到足以在培养皿中测试。