两类检测，两类问题
检测是一种受控的测量，它把一个分子的作用转化为一个数字。两大家族是生化检测和细胞检测。生化检测在试管或孔中把纯化的蛋白质、底物和你的化合物混合，然后直接读出活性——对于酶来说，就是生成了多少产物。它干净、快速，能毫不含糊地告诉你这个化合物作用于那个蛋白质。
细胞检测把化合物加到活细胞上，测量某种下游后果——报告基因被点亮、受体发出信号、细胞死亡或分裂。它回答一个更难、更诚实的问题：这个化合物在细胞内部——它必须先穿过细胞膜并存活下来的地方——是否做了正确的事？这种真实感正是其全部价值所在，也是其全部困难所在。
在规模化时真正重要的取舍
生化检测更便宜、更快、更易解读，这正是经典高通量筛选活动往往从它开始的原因。但纯化的蛋白质行为可能与细胞内的蛋白质不同，而且一个生化苗头也许永远无法穿过细胞膜到达靶点。细胞检测恢复了生物学背景，却带来了噪声：伪装成活性的细胞毒性、偏离通路的效应，以及大得多的变异性。每一个孔都是一个微小的活系统，它可能正经历糟糕的一天，也可能正经历美好的一天。
你通常从一个已确证的苗头报告的数字是IC50——使所测活性减半的浓度。来自生化检测的IC50与来自细胞检测的IC50不是同一回事：细胞数值还把渗透性、外排和蛋白结合都折叠了进去。当细胞数值远差于生化数值时，这个差距本身就是一条线索，告诉你该去修正什么。
Z因子：这次筛选到底能不能跑？
在筛选一百万个孔之前，你必须知道这个检测能可靠地把活性与非活性区分开。Z因子用一个数字概括了这一点。它比较你的阳性对照与阴性对照之间的差距，与对照内部的散布。一个干净、宽大的差距加上紧凑的对照，会得到接近1的Z因子；重叠、嘈杂的对照则会把它拉向0甚至更低。
Z' = 1 − [ 3·(SD_pos + SD_neg) / |mean_pos − mean_neg| ] Z' > 0.5 excellent, large separation → fine for HTS 0 < Z' < 0.5 marginal, usable with caution Z' ≤ 0 unacceptable, controls overlap → fix the assay first Rule of thumb: never start a big screen below Z' = 0.5.