核心思想
构效关系（SAR）是分子的样貌与它对生物系统所产生的作用之间的联系。把结构稍作改动——这里加一个基团，那里换一个原子——生物活性通常也会随之变化。构效关系，本质上就是仔细观察这些变化并从中学习的习惯。
为什么它重要？因为药物通过分子识别与药物靶点相契合而发挥作用——正确的形状、正确的电荷、正确位置上的氢键。构效关系正是化学家在从未直接看到蛋白质的情况下，逆向推断这种契合的方法。在先导优化过程中，效力的每一次提升都建立在构效关系的推理之上。
构效关系在日常中的体现
设想一个团队拥有一个骨架——一个共享的核心环系——它能微弱地命中靶点。他们合成了十个近亲，每个在某一位置上挂着不同的基团。有些更强，有些更弱，有些则完全失活。把这些结果与结构一一对照，就是在做构效关系。几周下来，规律浮现：在这里加氟有帮助，在那里加大体积基团则不可行。
- 选定一个要变化的结构特征，同时保持其他一切不变。
- 合成这些类似物，并在一致的活性测定中测量它们的活性。
- 比较结果，提出一条规律，然后在下一轮中检验这条规律。