II相：栓上一个可溶的锚
一旦I相暴露出活性把手——通常是羟基、氨基或羧酸——II相代谢便接手。这就是结合反应：酶把一个大而高度极性的基团从活化的辅因子转移到药物上。结果几乎总是更水溶、通常失活，并准备好被排出。结合反应是身体在分子上写下*已完成，请清除*的方式。
最常见的结合反应是葡萄糖醛酸化，由UGT酶执行，将一种糖酸（葡萄糖醛酸）连接上去，生成体积大、带电荷的葡萄糖醛酸苷。其他II相途径包括硫酸化、乙酰化、甲基化和谷胱甘肽结合——最后一种对清除危险的活性物质尤为重要，下一篇指南会讲到。
首过的关卡
现在跟随一个口服剂量。药片溶解后，药物穿过肠壁被吸收——但引流肠道的血液并不直接流向全身，而是先经门静脉进入肝脏。所以在任何一个分子到达心脏和体循环之前，它必须挺过两波代谢：肠壁中的酶，然后是肝脏全部的代谢威力。这种进入体循环前的损失就是首过效应。
一种药物可能被完美吸收，但若首过把大部分摧毁，其口服生物利用度仍然很糟。这就是为什么有些药物作为注射剂有效却作为片剂失败，以及为什么被大量代谢的分子可能需要远大于静脉剂量的口服剂量。高首过清除率还使药物的血药浓度易受任何改变肝酶活性因素的影响——这是许多药物相互作用的基础。