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非经典生物电子等排体:同样的功能,不同的化学

当“以相似换相似”不够用时,用看起来不同却扮演相同角色的东西去替换——以四唑替代羧酸、磺酰胺替代物、模拟酰胺的环。功能重于形式。

功能重于形式

非经典生物电子等排体抛弃了经典表格的电子数记账法。它不试图逐原子地与原基团相似,而是试图完成同样的工作——以相同的几何、相同的关键相互作用呈现相同的药效团特征——用任何能服务于此的化学。替换物在原子数、环大小或连接方式上可能天差地别,但靶点在它期望的位置看到了它需要的特征。

走向非经典的理由通常是一个用微小替换无法修复的缺陷。原基团可能被代谢、可能带有错误的 pKa、可能损害通透性,或者是合成上的死胡同。非经典生物电子等排体给你一份更宽的替代物菜单,它们保留相互作用却改变其周围的一切。

羧酸替代物

最著名的非经典故事是羧酸。–COOH 呈酸性且是极佳的氢键受体,但它通透性差、常被葡萄糖醛酸化,有时还与毒性相关。四唑是经典替代物:一个五元环,具有相近的酸性 pKa 和模拟羧酸根的离域负电荷,但代谢和形状不同。酰基磺酰胺、噁二唑酮、异羟肟酸和方酸构成了菜单的其余部分,各自交换了一种不同的性质。

Carboxylic acid (-COOH)  -- liabilities: permeability, glucuronidation

  surrogate         acidic pKa   what it buys you
  ---------------    ---------    --------------------------
  tetrazole          ~4.5-4.9     metabolism, lipophilicity shift
  acylsulfonamide    ~3.5-5.5     tunable pKa, bigger H-bond array
  3-hydroxyisoxazole ~3-5         shape change, scaffold hop
  oxadiazolone       ~5-7         neutral-er, permeability

Keep: acidic proton + anionic H-bond pattern (the pharmacophore).
Change: ring, size, metabolism, logD.
–COOH 的一组非经典替代物菜单,各自在保留酸性阴离子特征的同时交换一种性质。

酰胺、脲与环模拟物

酰胺在药物中无处不在,并带来缺陷:它们可被蛋白酶切割、损耗通透性,且虽为平面却在 C–N 键处构象松散。非经典替换包括 1,2,4-噁二唑和 1,2,4-三唑环,它们以类似酰胺的间距固定两个氢键受体,同时抵抗水解并使几何刚化。脲可由氨基嘧啶模拟;酯(极易水解)可由噁唑或反向酰胺模拟。