功能重于形式
非经典生物电子等排体抛弃了经典表格的电子数记账法。它不试图逐原子地与原基团相似,而是试图完成同样的工作——以相同的几何、相同的关键相互作用呈现相同的药效团特征——用任何能服务于此的化学。替换物在原子数、环大小或连接方式上可能天差地别,但靶点在它期望的位置看到了它需要的特征。
走向非经典的理由通常是一个用微小替换无法修复的缺陷。原基团可能被代谢、可能带有错误的 pKa、可能损害通透性,或者是合成上的死胡同。非经典生物电子等排体给你一份更宽的替代物菜单,它们保留相互作用却改变其周围的一切。
羧酸替代物
最著名的非经典故事是羧酸。–COOH 呈酸性且是极佳的氢键受体,但它通透性差、常被葡萄糖醛酸化,有时还与毒性相关。四唑是经典替代物:一个五元环,具有相近的酸性 pKa 和模拟羧酸根的离域负电荷,但代谢和形状不同。酰基磺酰胺、噁二唑酮、异羟肟酸和方酸构成了菜单的其余部分,各自交换了一种不同的性质。
Carboxylic acid (-COOH) -- liabilities: permeability, glucuronidation surrogate acidic pKa what it buys you --------------- --------- -------------------------- tetrazole ~4.5-4.9 metabolism, lipophilicity shift acylsulfonamide ~3.5-5.5 tunable pKa, bigger H-bond array 3-hydroxyisoxazole ~3-5 shape change, scaffold hop oxadiazolone ~5-7 neutral-er, permeability Keep: acidic proton + anionic H-bond pattern (the pharmacophore). Change: ring, size, metabolism, logD.
酰胺、脲与环模拟物
酰胺在药物中无处不在,并带来缺陷:它们可被蛋白酶切割、损耗通透性,且虽为平面却在 C–N 键处构象松散。非经典替换包括 1,2,4-噁二唑和 1,2,4-三唑环,它们以类似酰胺的间距固定两个氢键受体,同时抵抗水解并使几何刚化。脲可由氨基嘧啶模拟;酯(极易水解)可由噁唑或反向酰胺模拟。