深度問題
從指南四的那道牆說起。由於散射把非侵入式光學存取限制在大約皮質表面，在大型腦中要進行深層光學讀寫，就需要植入光學元件：GRIN 透鏡中繼、可植入微型 LED／光電極陣列，或負責把光帶過散射並收集螢光的光纖。這恰恰把光學原本承諾要避免的侵入性又帶了回來，並在植入物上增加了新的功率／熱量預算。
較高的非線性階數 n（三光子）與較長波長會拉長散射長度，換來深度——但是以毫米計、而非公分計。深層與全腦的光學存取仍是真正開放的難題。
基因問題
最深層的障礙根本不在光學，而在基因。每一次光學讀寫都需要一個轉殖基因，經（通常是腺相關病毒）遞送、在正確的細胞中以正確的水準表現，並維持數年的穩定與安全。微生物來源的視蛋白是外來蛋白，可能具免疫原性；表現可能漂移或靜默；劑量、可逆性與脫靶表現全都是開放問題。這才是——而非光的物理——電學介面至今仍為臨床首選的原因。
真正抵達人類的成果
維持一份誠實的帳簿。最清楚的人體首例光遺傳成果在眼睛：視網膜光遺傳治療運用紅移視蛋白加上光放大護目鏡，在一名晚期色素性視網膜炎的失明患者身上恢復了部分、任務層級的視覺。這是真正的里程碑——但屬部分、單一案例規模，且發生在全身光學可及性最高的組織中。光學人工電子耳承諾比電刺激更精細的頻率解析度，因為光比電流更易聚焦（電刺激對光遺傳修復），但仍停留在臨床前階段。而意在繞開深度之牆的近紅外與上轉換光遺傳學，則屬早期動物研究。
這個模式很能說明問題：光學神經義肢最先抵達人類之處，正是目標組織薄、淺、且本就享有光學優勢的地方——視網膜、耳蝸。至於一般情形，即在人類身上進行深層皮質讀寫，則遠未到來。
未來走向
誠實地看，光學 BCI 近期的價值是科學的，先於義肢應用。全光學、具細胞型別專一性的閉迴路控制，是解剖神經編碼的無可匹敵工具——藉由讀寫定義好的迴路，理解它們如何運算。仍有兩道牆矗立：深度（散射）與生物擬真寫入問題（該寫什麼）。可信的中期未來是混合式的——光學與電學及其他模態結合、在設計上即雙向——並在幾何條件配合之處，讓人體治療選擇性地推進。把這條已被證實的軌跡與那條僅止於願景的軌跡區分開來，正是臨床轉譯所要求的紀律。