按电荷分选
到目前为止，我们的固定相靠油腻把分子拖住。但分子也可以带电——带正电或负电——而异性电荷相吸。于是给固定相镀上一层固定的电荷，它就会从流动中抓住带相反电荷的分子，让其余的通过。这种基于电荷的分离，就是离子交换色谱。
想象一个布满负电荷的固定相。带正电的分子黏附其上、被拖住；中性的和带负电的则流过去。要在之后把被困住的正电分子放出来，你就用一种充满竞争性正离子的流动相去冲洗柱子——一股对手的洪流，把被分析物从那些带电的位点上挤下来，重新赶回流动里。离子交换是软水滤芯的核心，也是分离氨基酸、蛋白质等带电分子的标准方法。
按大小分选：一座微孔迷宫
这里有一种把直觉颠倒过来的分离。把柱子装上多孔的小珠，珠子里钻满了细小的隧道。大分子太大，钻不进隧道，只能绕着珠子流过——一条又短又直的路——于是早早离开。小分子则钻进这座微孔迷宫深处，绕了一条又长又曲折的弯路，于是很晚才离开。这种纯粹按分子大小来分选的方法，就是尺寸排阻色谱。
由于它按大小分选，这一模式是给蛋白质、塑料等大分子“量身高”的首选——把一条巨大的链、一条中等的链和一个小碎片彼此区分开来。它也很温和，因为没有任何东西需要黏住再松开，这正适合那些娇嫩的生物分子，它们若太用力地黏附在固定相上就可能受损。
按锁与钥匙的契合分选
选择性最为精致的一种模式，能在成千上万个分子里只逮住一个。诀窍是在固定相上栓住一个特殊的搭档——一把分子的“锁”——只有目标分子（且仅有目标分子）能像钥匙一样恰好嵌进去。把一团复杂的混合物倒进去，除了那个咔哒一声扣进锁里、被牢牢留住的分子之外，其余一切都笔直地冲了过去。这种识别形状的方法，就是亲和色谱。
然后你把条件改动到刚好松开锁的握力，那一个被捕获的分子便被冲洗下来——此刻它纯净得惊人，是从人群中被精准挑出来的。亲和色谱正是实验室纯化特定抗体和许多药物的方法：一种不靠黏性、不靠大小，而靠精确的生物识别建立起来的分离。
没有流动相：在电场中赛跑
现在把流动相这个念头彻底丢开。取一块柔软的、果冻般的凝胶薄片，把带电分子放在它的一端，然后给它两端通上电场。由于异性电荷相吸，带电分子感到一股持续的牵引，朝着远端的电极在凝胶中缓缓爬行。这种靠在电场中移动来实现的分离，就是电泳——字面意思就是“被电带着走”。
决定一个分子走多快的有两件事：它带多少电荷（电荷越多，牵引越强）以及它穿过凝胶网孔有多容易（越小、越流线，越快）。凝胶本身就像前面那座按大小分选的迷宫，拖慢大分子。于是分子按电荷与大小的某种综合分选成一道道带——而对许多分子来说，电荷取决于周围的酸度，因为在一个叫作等电点的特殊酸度上，一个分子不带净电荷，便干脆停下不动了。
电泳钻进一根细如发丝的管子
平板凝胶又慢又麻烦。现代的升级版把整场赛跑缩进一根细如发丝、注满液体的玻璃管里，电场沿着它的长度施加，一个检测器在靠近远端处守望。分子在这条狭窄的通道里赛跑，经过时被计时，画出一条像色谱图一样满是峰的轨迹。这种微缩的、便于仪器化的形式，就是毛细管电泳。
这根细管有一个不动声色的好处：它散热极快。电场会使液体变热，而热会让色带变模糊；一根细如发丝的管子散热极好，于是你可以把电场开得很高，实现又快又锐利无比的分离。毛细管电泳能分辨那些电荷只有微小差异的分子，这使它成为以极高分辨率分析DNA片段和蛋白质的宠儿。