同態加密推論

使用同態加密直接對加密資料進行運算，使解碼器原則上能在密文的神經特徵上運行，並回傳只有使用者能解密的加密結果，過程中任何伺服器都不會看到明文。相關的安全運算工具——安全多方運算與函數加密——以不同手段追求相同目標。

對 BCI 而言這在很大程度上仍屬憧憬：實用方案（例如用於近似算術的 CKKS）在運算與延遲上帶來數個數量級的額外負擔，與數十毫秒的閉環預算及神經系統的功耗限制相衝突。今日它較可行的用途在於離線或批次的神經分析，以及將繁重運算外包，而非即時的植入物端解碼。