原核域的系統發生結構：原初的諸界
透過解讀生命最古老的分子，他們發現細胞並非兩類，而是三類——還有一整個被隱藏的界。
為了尋找生命之樹上最深的枝椏，兩位科學家找到了一條誰都不曾畫過的枝——第三種生命，就藏在眾目睽睽之下。
生命不是兩類，而是三類
很長一段時間裡，生物學把一切生命塞進兩個盒子：沒有細胞核的簡單細胞（細菌），和有細胞核的複雜細胞（其餘一切——我們、植物、真菌）。卡爾·沃斯懷疑這漏掉了什麼，因為這種分法是按細胞「長什麼樣」來分的，而不是按它們彼此「有多親」。
於是他挑了一個每個活細胞都攜帶的分子：核糖體 RNA——那台造蛋白質的小機器的一部分。比對它在不同生物之間的序列，他就能直接量出親疏。而從這一比對裡，掉出了一個震驚：一群會產甲烷的微生物，看上去像細菌，骨子裡卻既不比細菌更像細菌，也不比我們更像細菌。它們是一整條第三分支的生命。今天我們叫它們「古菌」。
沒人相信的那條分支
沃斯在伊利諾大學，與同事喬治·福克斯一道，花了數年做著辛苦的實驗：把核糖體 RNA 切碎、讀出它的片段、為每個生物建一份「目錄」。這活兒慢、不光鮮，離當時那些熱門問題也很遠。
1977 年結果出來時——產甲烷菌是一條獨立而古老的譜系——大半個生物學界根本不買帳。前輩科學家公開質疑；沃斯因為憑一個分子就重畫生命之樹，被一些人斥為「怪人」。可他是對的。隨著 DNA 定序技術成熟，那第三條分支一次又一次穩穩立住，古菌終成教科書裡的事實。
為什麼重要
生命的絕大部分是微生物，是看不見的；而絕大多數微生物，從未在實驗室裡被培養出來——於是數百年間，我們對生命真正的形貌是盲的。沃斯的方法給了我們一雙眼睛：讀一個普適的分子，你就能把任何生物安放到樹上，哪怕你只能在海水或土壤裡找到它的一抹 DNA。
這改變了我們能問的問題本身。古菌後來被發現無處不在，也包括你的體內；而它們就緊挨著複雜細胞的起源——也就是我們自己這類細胞從何而來的那個問題。我們今天所用的那張生命地圖，正是沃斯與福克斯開始描畫的。
像比對一句共享的話
想像每個生物都帶著同一段非常古老的話，被抄了又抄，抄了幾十億年。沒有哪份抄本是完美的，於是小錯誤一點點累積——兩份抄本差得越多，它們共用同一個抄寫員的年代就越久遠。把這些話並排讀，你就能重建家譜，連你從不知道存在的親戚也找得回來。
核糖體 RNA 就是那段共享的話。當沃斯把產甲烷菌的抄本與一個細菌的並排比對時，差異之大，竟與細菌和我們之間的差異相當——這告訴他：它們根本不是細菌，而是遠得不能再遠的表親。
它的位置
達爾文（1859）給了生命一棵分枝的大樹，卻沒給我們讀出最深岔口的辦法；後來「基因由 DNA 構成」的發現，以及隨之而來的分子生物學，才終於讓這些岔口變得可讀。沃斯與福克斯提供了那個分子，也提供了那套方法。與本館「馬古利斯」一條並讀，畫面便合攏了：我們自己的複雜細胞，看來是一個古菌宿主與一個被俘細菌之間的夥伴關係——於是三域之樹與「細胞中的細胞」，是同一個起源故事的兩半。
A phylogenetic analysis based upon ribosomal RNA sequence characterization reveals that living systems represent one of three aboriginal lines of descent: (i) the eubacteria, comprising all typical bacteria; (ii) the archaebacteria, containing methanogenic bacteria; and (iii) the urkaryotes, now represented in the cytoplasmic component of eukaryotic cells.