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化學 1951

蛋白質的結構:多肽鏈的兩種氫鍵螺旋構型

萊納斯·鮑林、羅伯特·科里 與 赫爾曼·布蘭森

按化學鍵的規則去摺疊一條蛋白質鏈,一種形狀便自然浮現:α 螺旋。

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In depth · the introduction

在任何人清楚地看見蛋白質之前,萊納斯·鮑林就已在腦海裡把一條蛋白質鏈摺疊了出來——所憑藉的,不過是化學鍵的規則。

核心想法

蛋白質是一條條由胺基酸串成的長鏈,要工作,它們必須摺疊成精確的形狀。1951 年,鮑林與同事們問了一個大膽的問題:如果嚴格遵從化學早已知道的規則——每根鍵有多長、每個連接有多硬、那種叫氫鍵的微弱吸引能在哪裡形成——這條鏈能摺出哪些形狀?答案幾乎是被逼出來的。有一種格外利落的形狀反覆出現:一種右手性的盤繞,像一道旋轉樓梯,他們稱之為 α 螺旋。盤繞的每一圈,都由氫鍵縫向下一圈,這讓它結實而能自我支撐。

它是如何誕生的

多年以前,鮑林就握有那條關鍵線索:兩個胺基酸之間的連接——肽鍵——是平的、剛硬的,不能自由扭轉,原因在於它的電子被共享的方式。羅伯特·科里在加州理工的實驗室裡測出了胺基酸的精確形狀,物理學家赫爾曼·布蘭森把幾何細節一一算清,鮑林則去尋找那樣的盤繞:其中每一根氫鍵都恰好筆直、長度恰好。

劍橋的一支競爭團隊,前一年也搜尋過,卻失敗了,因為他們假定每一圈必須含整數個胺基酸。鮑林放下了這個假定——他的螺旋每圈約三個半——結構於是一下子嵌合到位。據說,他有一部分是在生病臥床時想出來的:用手摺著一條畫出來的紙鏈,直到那些鍵彼此相接。

它為何重要

這是頭一回,有人正確地預言了蛋白質形狀中的一塊;而當馬克斯·佩魯茨恰好捕捉到 α 螺旋所要求的那道 X 射線信號時,它幾乎是當即被證實了。它表明,生命分子的形狀,是從樸素的化學裡推出來的——它還開創了那套搭建模型的方法,僅僅兩年之後,這套方法就破解了 DNA 的結構。

一個可以想像的畫面

想像一道由紙環搭成的旋轉樓梯,扶手上的某一點,正好落在它下方一圈對應點的正上方。再想像一些小磁鐵,只有當兩個紙環正正地上下疊齊、且相隔四級時,才會「咔」地吸住。要把樓梯搭得讓每塊磁鐵都吸住,唯一的辦法,是讓每一圈約含三級半——不是三級,也不是四級。那些磁鐵,就是氫鍵;那道彼此咔住的樓梯,就是 α 螺旋。一旦沿著全長拉合,它便能自己撐住自己的形狀。

用滑桿即可長長的盤繞;虛線顯示每根伸向前方第四顆珠子的氫鍵,把螺旋維繫在一起。一個開關把它與一種更緊、氫鍵只伸向前方第三顆珠子的盤繞作比較。

它的位置

鮑林的 α 螺旋,以及他那套搭建模型的風格,兩年後直接塑造了 DNA 雙螺旋(見 watson-crick-1953);兩者都是靠氫鍵維繫的右手性盤繞。α 螺旋,是蛋白質形狀那套字母表裡的基本字母之一——而要預言一條胺基酸鏈如何把這些字母排佈成一個完整的摺疊,正是 AlphaFold(見 alphafold-2021)在七十年後終於解決的那個問題。

The original document
Original source text
L. Pauling, R. B. Corey & H. R. Branson · Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37 (1951): 205–211 · communicated February 28, 1951
The approach
The paper builds protein structures from the ground up — from the established geometry of the chemical bond, rather than from low-resolution X-ray pictures. The peptide group is taken as rigid and planar, a consequence of the partial double-bond character of the C–N bond in Pauling's resonance theory, with bond lengths and angles fixed by the crystal structures of amino acids and small peptides determined in Corey's laboratory.
The hydrogen-bond rule
Every backbone N–H and C=O is required to take part in a nearly straight hydrogen bond of about 2.72 Å. Imposing this on a regularly coiled chain leaves only a few possible helices — and, crucially, they need not repeat after a whole number of residues per turn, the restriction that had defeated the earlier Cambridge survey.
Two helices
Two configurations satisfy the rules: a tightly wound helix with about 3.7 residues per turn — the α-helix, in which each carbonyl is hydrogen-bonded to the amide of the residue four along — and a wider helix with about 5.1 residues per turn. The α-helix rises about 1.5 Å per residue and repeats every 5.4 Å along its axis.
[ … ]
The prediction and its test
Companion papers in the same 1951 issue extend the scheme to the pleated sheet and further chain configurations. The decisive test was the α-helix's predicted 1.5 Å axial repeat, which Max Perutz soon found as a strong X-ray reflection in hair keratin and in haemoglobin.
Gates and Crellin Laboratories of Chemistry, California Institute of Technology · 1951