蛋白質的結構:多肽鏈的兩種氫鍵螺旋構型
按化學鍵的規則去摺疊一條蛋白質鏈,一種形狀便自然浮現:α 螺旋。
在任何人清楚地看見蛋白質之前,萊納斯·鮑林就已在腦海裡把一條蛋白質鏈摺疊了出來——所憑藉的,不過是化學鍵的規則。
核心想法
蛋白質是一條條由胺基酸串成的長鏈,要工作,它們必須摺疊成精確的形狀。1951 年,鮑林與同事們問了一個大膽的問題:如果嚴格遵從化學早已知道的規則——每根鍵有多長、每個連接有多硬、那種叫氫鍵的微弱吸引能在哪裡形成——這條鏈能摺出哪些形狀?答案幾乎是被逼出來的。有一種格外利落的形狀反覆出現:一種右手性的盤繞,像一道旋轉樓梯,他們稱之為 α 螺旋。盤繞的每一圈,都由氫鍵縫向下一圈,這讓它結實而能自我支撐。
它是如何誕生的
多年以前,鮑林就握有那條關鍵線索:兩個胺基酸之間的連接——肽鍵——是平的、剛硬的,不能自由扭轉,原因在於它的電子被共享的方式。羅伯特·科里在加州理工的實驗室裡測出了胺基酸的精確形狀,物理學家赫爾曼·布蘭森把幾何細節一一算清,鮑林則去尋找那樣的盤繞:其中每一根氫鍵都恰好筆直、長度恰好。
劍橋的一支競爭團隊,前一年也搜尋過,卻失敗了,因為他們假定每一圈必須含整數個胺基酸。鮑林放下了這個假定——他的螺旋每圈約三個半——結構於是一下子嵌合到位。據說,他有一部分是在生病臥床時想出來的:用手摺著一條畫出來的紙鏈,直到那些鍵彼此相接。
它為何重要
這是頭一回,有人正確地預言了蛋白質形狀中的一塊;而當馬克斯·佩魯茨恰好捕捉到 α 螺旋所要求的那道 X 射線信號時,它幾乎是當即被證實了。它表明,生命分子的形狀,是從樸素的化學裡推出來的——它還開創了那套搭建模型的方法,僅僅兩年之後,這套方法就破解了 DNA 的結構。
一個可以想像的畫面
想像一道由紙環搭成的旋轉樓梯,扶手上的某一點,正好落在它下方一圈對應點的正上方。再想像一些小磁鐵,只有當兩個紙環正正地上下疊齊、且相隔四級時,才會「咔」地吸住。要把樓梯搭得讓每塊磁鐵都吸住,唯一的辦法,是讓每一圈約含三級半——不是三級,也不是四級。那些磁鐵,就是氫鍵;那道彼此咔住的樓梯,就是 α 螺旋。一旦沿著全長拉合,它便能自己撐住自己的形狀。
它的位置
鮑林的 α 螺旋,以及他那套搭建模型的風格,兩年後直接塑造了 DNA 雙螺旋(見 watson-crick-1953);兩者都是靠氫鍵維繫的右手性盤繞。α 螺旋,是蛋白質形狀那套字母表裡的基本字母之一——而要預言一條胺基酸鏈如何把這些字母排佈成一個完整的摺疊,正是 AlphaFold(見 alphafold-2021)在七十年後終於解決的那個問題。