孟德爾遺傳的機制
基因是實在的點，沿染色體排成一線。
孟德爾有一些看不見的「因子」，它們服從著工整的比例。摩爾根的果蠅卻顯示：這些因子是實在的、物理的東西——沿染色體排成一線，你甚至能給它們畫出一張地圖。
核心想法
在孟德爾之後的幾十年裡，沒人知道他那些遺傳「因子」究竟住在哪裡。摩爾根的實驗室，靠繁育數以百萬計的果蠅，把它們釘在了染色體上——那是細胞所攜帶的、線狀的小體。每一個因子（如今我們說基因）都搭在某一條染色體的某個確定位置上。
決定性的竅門在於：同一條染色體上的基因，傾向於一同被遺傳（這叫「連鎖」）；可染色體有時會交換片段（這叫「交換」），從而把它們分開。兩個基因坐得越近，就越少被分開。於是，只要數一數兩個性狀在後代中分開的頻率，你就能量出它們的基因之間的距離——並把每一個基因，按次序，排上一張地圖。
它是如何誕生的
托馬斯·亨特·摩爾根起初是個懷疑論者——他既懷疑孟德爾定律，也懷疑染色體承載遺傳這一說法。然而約在 1910 年，一隻白眼的雄性果蠅，出現在他哥倫比亞大學那間逼仄的「果蠅室」裡，而它那奇特的遺傳方式，徑直指向了 X 染色體。果蠅不斷給出答案，摩爾根於是改了主意。
作圖上的突破，來自一位十九歲的本科生——阿爾弗雷德·斯特蒂文特。1911 年的一個夜晚，他意識到交換的數字可以化作距離，便熬夜畫出了第一張基因圖。卡爾文·布里奇斯釘下了細胞學的證明；赫爾曼·穆勒磨利了理論。他們四人，把這些工作匯成了 1915 年的這本書。
它為何重要
正是這本書，把遺傳從一件只能描述的事，變成了一件能測量、能預言的事。「基因」成了一個有座標的位置。就這一個想法——靠性狀重組的頻率給基因作圖——繪出了我們自身基因組的第一批圖譜，並在我們還無法逐個字母地讀取 DNA 之前，就幫人們追查到了諸如囊腫性纖維化這類疾病背後的基因。摩爾根因此榮獲 1933 年的諾貝爾獎。
一個可以想像的畫面
想像有兩枚小墜子，穿在同一根繩子上。時不時地，這根繩子會被剪斷一次，再與它的搭檔繩子接起來，把斷口之外的部分整段互換。如果兩枚墜子相距甚遠，剪口就很可能落在它們之間，於是它們常常被分開。如果它們幾乎貼在一起，剪口便很少落在中間，於是它們幾乎總是待在一起。數一數每一對被分開的頻率，你就量出了繩子上的間隔——基因圖，正是這樣畫出來的。
它的位置
孟德爾（1865 年）給出了抽象的規則；薩頓與博韋里（1902–1903 年）猜到了染色體在承載這些規則；而這本書，把猜想變成了一張測量出來的地圖。這條線索往後延伸到埃弗里（1944 年）與沃森—克里克（1953 年），他們揭示出基因的化學本性是 DNA——但摩爾根的果蠅，早已為基因定下了地址。此後的每一張基因組圖譜，包括人類基因組計劃，都是這些果蠅圖表的後裔。
序言——遺傳的問題
From ancient times heredity has been looked upon as one of the central problems of biological philosophy.
連鎖與交換（第三章）
The process of interchange between chromosomes is called crossing over; the tendency of factors to stay together is called linkage.