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生物學 2012

細菌適應性免疫中一種可程式化、雙 RNA 引導的 DNA 內切酶

馬丁·伊內克、埃馬紐埃爾·夏彭蒂耶、珍妮弗·道德納 等

用一小段 RNA 給細菌的防禦酶重新編程,你就能切開你所選定的任何基因。

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In depth · the introduction

科學家把細菌用來抵禦病毒的一套防禦系統,變成了一把廉價、精準的「剪刀」,能找到並切開任何選定的基因。

把這個想法拆開看

細菌也有自己的免疫系統。當病毒來襲時,牠們會把病毒 DNA 的一小段,作為一種「通緝照」存下來,再做出一條與之匹配的 RNA,引導一種切割蛋白——Cas9——在病毒再度來犯時,把那段一模一樣的序列剁碎。那條引導 RNA,本質上就是一個「搜尋詞」,而 Cas9,就是那把刀刃。

它從哪裡來

有許多年,CRISPR 只是細菌生物學裡的一樁奇聞。真正的突破,在於意識到:你可以自己寫這個搜尋詞。換上一條匹配你想要的任何基因的引導 RNA——無論是在一株植物、一隻小鼠,還是一個人類細胞裡——Cas9 就會前往那個三十億字母基因組中的精確位點,剪上一刀。隨後,細胞會試圖修復這個斷口,而科學家可以利用這一刻,把一個基因關掉,或者貼進一個修正過的版本。更早的基因編輯方法,意味著每針對一個目標,都要造一個複雜的、定制的蛋白。而 CRISPR 只需要一小段新的 RNA——便宜又簡單,以至於世界各地的實驗室幾乎在一夜之間就採用了它,夏彭蒂耶與道德納也由此分享了 2020 年的諾貝爾化學獎。

它為何重要

CRISPR 讓精準的基因編輯,成了普通實驗室也觸手可及之事,從而變革了生物學與醫學。如今,它正被用來開發針對鐮刀型細胞貧血等遺傳病的療法、培育更強健的作物,以及研究基因如何運作——這也正是它何以會引發關於「編輯人類生命」的嚴肅倫理之問。

是兩道鎖,而非一道

瞄準這把剪刀,並不像「任何地址」那麼簡單。Cas9 會先在 DNA 裡查驗一個小小的、三個字母的「口令」——一個「PAM」,也就是 NGG 這幾個字母——它得緊挨在目標旁邊。沒有口令,就不切,哪怕引導完全匹配。然後,引導還得和 DNA 一個字母一個字母地配上對,而離口令最近的那一段裡,只要有一個錯配,就足以讓它罷手。試著寫一條引導,看 Cas9 如何決定切、還是不切。

一小段雙鏈 DNA,上方是一條 20 個字母的引導 RNA。引導上的每個字母,與 DNA 目標配對處顯示為綠色、不配對處顯示為紅色;緊鄰目標之後,是一段被高亮的三字母 PAM(NGG)。當 PAM 存在、且靠近 PAM 的字母全部匹配時,一把剪刀會在 PAM 上游三個字母處標出一個平端切口。點擊引導上的字母可將其更改,切換 PAM 則會讓切口消失。

之後發生了什麼

CRISPR 從實驗室的工作檯走向臨床,快得驚人。2023 年,首個基於 CRISPR 的療法獲批,透過編輯病人自己的血細胞,治癒了一部分鐮刀型細胞病患者。更新的版本,甚至不必把兩條鏈都切斷,就能改寫單獨一個 DNA 字母。也正是這種力量,讓世界至今仍在爭論:界線該劃在哪裡——尤其是圍繞編輯胚胎,因為那樣的改動,會傳給未來的每一代。

The original document
Original source text
M. Jinek, K. Chylinski, I. Fonfara, M. Hauer, J. A. Doudna, E. Charpentier · Science 337 (2012): 816–821
The system
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) systems provide bacteria and archaea with adaptive immunity against viruses and plasmids by using CRISPR RNAs (crRNAs) to guide the silencing of invading nucleic acids.
Mechanism
We show that in a subset of these systems, the mature crRNA … forms a two-RNA structure that directs the CRISPR-associated protein Cas9 to introduce double-stranded (ds) breaks in target DNA. At sites complementary to the crRNA-guide sequence, the Cas9 … protein cleaves both strands.
Engineering a single guide
We engineered the two RNAs into a single RNA chimera and show that it directs sequence-specific Cas9 dsDNA cleavage. Our study reveals a family of endonucleases that use dual RNAs for site-specific DNA cleavage and highlights the potential to exploit the system for RNA-programmable genome editing.
Cas9 can be programmed using a single engineered RNA molecule … to cleave any dsDNA sequence of interest, providing a simple two-component system for targeted genome editing.
The full paper — with the biochemical cleavage assays, the mapping of the HNH and RuvC nuclease domains to the two DNA strands, the PAM dependence, and the guide-swap experiments that demonstrate programmability — is available at the source below.
Published online 28 June 2012