為何用藥如此之多、之久？
治療活動性結核不像治咽喉痛吃一週抗生素那麼簡單。標準治癒方案在強化期四藥聯用，隨後再用兩種藥數月——通常總療程六個月。經典的一線組合是異菸鹼醯胺、利福平、吡嗪醯胺和乙胺丁醇。為何要如此周折？
- 多藥同時使用：在任何龐大的結核菌群中，總有少數細菌天然對某一種藥抗藥。多藥聯用意味著每個細菌都面對它無法躲避的攻擊。
- 長達數月：結核包含藏在肉芽腫內、緩慢而半休眠的細菌，它們只能被逐步殺滅，故需長療程以清除最後的倖存者。
- 完成全程：大多數人數週內就感覺好轉，遠早於細菌被清除之時。過早停藥是經典錯誤，會讓抗藥的倖存者重新繁殖。
抗藥與直接督導治療
當治療中斷、服藥不規律或用藥種類過少時，敏感的細菌死亡，而更頑強的抗藥細菌卻存活並繁殖。久而久之便催生出抗多藥結核（MDR-TB）——對兩種最重要一線藥物抗藥的菌株。抗多藥結核治癒起來更難、更久、更昂貴，需要副作用更大的二線藥物。抗藥在很大程度上是治療不徹底所造成的人為問題。
為使治療不脫軌，公共衛生項目採用直接督導治療（DOT）：由衛生工作者或受過培訓的支持者看著患者吞下每一劑藥。這聽來簡單，卻能顯著提高療程完成率，既保護患者，也使社區免受抗藥菌株之害。GeneXpert等快速檢測在此也有助益，它能盡早提示抗藥，使治療從一開始就選對藥物。
近親：非結核分枝桿菌
結核並非唯一影響肺部的分枝桿菌。非結核分枝桿菌（NTM）是一個龐大的相關細菌家族，棲居於土壤、水和家庭管道中。它們在環境中無處不在，而且重要的是——與結核不同——它們一般不在人與人之間傳播。
大多數健康人吸入又呼出NTM而毫無問題。但在已有肺損傷的人身上——例如患有支氣管擴張或長期氣道疾病者——NTM可引起緩慢的慢性肺部感染。由於NTM與結核一樣呈抗酸性，抹片陽性無法將兩者區分；這正是分子鑑定與培養鑑定之所以重要的原因之一。在痰中發現NTM並不自動意味著患病——醫生必須權衡症狀、影像與多次取樣，方能決定是否治療。