首次經過肝臟
當你吞下一片藥，被吸收的藥物並不直接進入全身循環。來自腸道的血液先匯入肝臟。所以在藥物到達身體其餘部分之前，肝臟就有機會先代謝它。這就是首過效應（或首過代謝）。
對某些藥物，這第一遍就會清除劑量中的很大一部分。肝臟清除的比例由肝攝取率來刻畫：高攝取率的藥物在起效前會損失口服劑量的大部分。結果是口服生物利用度低——你吞下的藥只有一小部分能完整到達循環。
前藥：故意做成無活性
代謝通常是藥物必須「挺過」的關卡。但化學家有時把它變成優勢，設計出前藥——一種吞服時無活性、只有在被身體代謝後才變成有效藥物的分子。這一步代謝不是損失，而是激活開關。
- 改善吸收：可把前藥做得更親脂以穿過腸壁，進入體內後再轉化為活性形式。
- 掩蓋不良性質：在藥物離開胃之前遮住苦味或局部刺激。
- 定向給藥：讓激活主要發生在需要的部位，從而保護身體其餘部分。
活性代謝物：藥效比母藥更持久
即便是一種普通的、本就完全有活性的藥物，也可能產生活性代謝物——一種仍能作用於標靶的產物。代謝物有時比母藥弱，有時相當，有時更持久。當代謝物的半衰期更長時，藥物的臨床效應可在母藥被清除之後仍長久持續。
這在臨床上很重要。同一類的兩種藥可能感受迥異，僅僅因為其中一種留下了一個長壽命的活性代謝物。而在腎功能受損時，腎臟本應清除的活性代謝物可能蓄積並引起毒性，即便母藥看起來控制良好。