拴上一個親水基團
Ⅱ相是*結合*階段。酶抓住化學把手（–OH、–NH₂或–COOH，可能是藥物本身就有的，也可能是Ⅰ相新加上的），把一個龐大、極性強的分子拴上去。產物通常很重、水溶性極強、幾乎總是無活性——為排泄做好了充分準備。
最常見的途徑是葡萄糖醛酸化，即拴上葡萄糖醛酸。其他結合途徑則添加硫酸基、乙醯基、甲基或胺基酸。每條途徑都需要一個輔因子——身體必須提供的高能供體分子——這正是為何在供體不足時結合反應會受限。
Drug-OH + glucuronic-acid (from UDPGA cofactor)
| UGT enzyme
v
Drug-O-glucuronide (large, polar, inactive)
--> urine or bileⅠ相與Ⅱ相是搭檔，而非固定順序
名字讓人以為是「先Ⅰ相後Ⅱ相」，但這並非定律。有些藥物本身就帶可用的把手，直接進入結合；另一些僅靠Ⅰ相即被清除。兩個相也可能以任意順序進行。把它們想成肝臟挑選的兩件工具，而不是固定的流水線。
一段繞路：腸肝循環
龐大的結合物常被排入膽汁，經膽汁排泄送往腸道。你可能以為它們就隨糞便離開了——但腸道細菌能把結合物剪開，釋放出原來的親脂藥物，後者隨即被重吸收。這個迴路就是腸肝循環。
腸肝循環使藥物被回收，延長其在體內停留的時間，從而可能延長藥效。它還解釋了一些現實中的怪現象：為何某些口服避孕藥在抗生素擾亂腸道菌群時可能失效，以及為何有些中毒可透過反覆給予活性碳來打斷這一迴路進行治療。