肝臟的另一項工作：排入膽汁
肝臟不僅代謝藥物——它還把其中一些藥物（以原型或代謝物形式）分泌進膽汁。這就是膽汁排泄。膽汁流入小腸，因此以此途徑排出的物質會沿腸道下行，並可能隨糞便離開身體（糞便排泄）。肝臟偏好此途徑來處理較大分子（大致超過 300–500 Da），尤其是經過結合反應的藥物——例如經II 相代謝中的葡萄糖醛酸化。
再循環回路
轉折點來了。一種被結合後排入膽汁的藥物，到達腸道時變成了比如葡萄糖醛酸結合物。腸道細菌攜帶一種酶（β-葡萄糖醛酸苷酶），能剪掉葡萄糖醛酸基團，使原來的脂溶性藥物再生。這種游離藥物此時可經腸壁重吸收，隨門靜脈血回到肝臟，再次開始循環。這個迴路就是腸肝循環。
Liver: drug + glucuronic acid -> drug-glucuronide (conjugation)
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v (secreted into bile)
Bile -> Small intestine
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v gut bacteria: beta-glucuronidase cleaves it
drug-glucuronide -> free drug + glucuronic acid
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v (reabsorbed across gut wall)
Portal blood -> back to Liver ... loop repeats
Net effect: drug persists longer -> longer half-life為何這個迴路很重要
再循環意味著藥物在首次經膽汁排出時並未真正被清除——它會不斷回來。其實際後果是更長的[[pharm-half-life|半衰期]]，以及比僅憑腎臟處理所預測的更持久的藥效。以顯著腸肝再循環著稱的藥物（如某些激素、部分阿片類藥物及依折麥布）的血藥濃度曲線上可出現「雙峰」，正是再循環部分返回所致。