帶工作台的機器
酶是一種加速特定化學反應的蛋白質——把一種分子（受質）轉化為另一種分子（產物），速度比自發反應快上千倍。反應發生在一個形狀精確的裂隙中，稱為活性位點，即酶的工作台。由於每種酶負責身體化學過程中的一步，阻斷某一種酶便是有意叫停那一步的一種乾淨辦法。
在藥物發現中，有兩個酶家族不斷出現。激酶給其他蛋白質貼上磷酸基團，從而把它們打開或關閉——它是細胞訊號傳導的總控制器，也是癌症中一個龐大的靶點類別。蛋白酶像分子剪刀一樣在特定位點切割其他蛋白質；蛋白酶是病毒、血液凝固和發炎中的核心靶點。當你遇到一個新的酶靶點時，問一句「它是激酶還是蛋白酶？」就已經道出了它故事的大半。
抑制：堵住工作台
大多數酶類藥物是抑制劑：它們減慢或停止酶的工作。最常見的方式是競爭性抑制，藥物坐進活性位點本身，與天然受質爭奪同一個位置。誰先到達誰就佔著；用足夠多的藥物淹沒這套系統，受質就被擋在門外。由於這場較量關乎誰佔據插槽，一個形狀與受質相似的競爭性抑制劑往往是一個極佳的起始設計。
一個抑制劑效果如何，由兩個你到處都會見到的數字來刻畫。抑制常數（Ki）衡量它結合得有多牢——越小越強。IC50是把酶活性削減一半所需的濃度——同樣，越小意味著越強效。隨著你的分子改進，二者都會變小，因此看著它們在一系列化合物中逐漸下降，正是化學家看見進展的方式。
從工作台到藥物
他汀類家族是教科書式的成功案例：每一種都是製造膽固醇那個酶的競爭性抑制劑，它們共同重塑了心血管醫學。一些抑制劑走得更遠，與活性位點形成永久的化學鍵——即共價抑制劑——於是酶會一直保持關閉，直到細胞重新合成一份新的。共價抑制劑可以極其強效且持久，但它們對選擇性提出了額外要求，因為一個反應性基團也可能扣到錯誤的蛋白質上。