配對分子對與活性懸崖

配對分子對

配對分子對（MMP）是兩個除了一處確定改變之外完全相同的分子——比如某一位置上H → Cl。由於只有這一處轉化不同，它們之間效力的變化，就是對*那一處*改變所產生效應的最乾淨估計。MMP分析會收集成千上萬這樣的配對，以了解某種轉化在眾多系列中的平均效應。

Matched pair (transformation: H -> Cl at meta)

  Compound A:  core-[H]    IC50 = 900 nM   pIC50 = 6.05
  Compound B:  core-[Cl]   IC50 =  60 nM   pIC50 = 7.22
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  delta-pIC50 (B - A) = +1.17   ->  ~15x more potent

Across 40 such H->Cl pairs in this project, median
delta-pIC50 = +0.4 (about 2.5x). This one pair is far above
the trend -- a candidate activity cliff worth a close look.

配對分子對孤立出一處轉化；將其與眾多配對的中位數相比，可看出某個結果是尋常還是特殊。

活性懸崖

活性懸崖是一對結構上幾乎相同、效力卻天差地別的配對分子——兩個在化學家眼中「相同」、卻被蛋白質視若雲泥的分子。懸崖是平坦構效關係的反面，後者許多改動都毫無作用。懸崖是資訊最豐富的學習時刻，因為它們直指一處關鍵相互作用。

懸崖的經典成因，是某個接觸的「開」與「關」。也許新加的基團如今形成了此前不可能的氫鍵；也許多出的一個碳如今與牆壁碰撞，破壞了形狀互補；也許一個甲基鎖定了一種有利構象——即所謂的魔法甲基效應，一個CH3使效力躍升百倍甚至更多。