胜肽：蛋白質般的精確，小分子的餘韻
治療性胜肽是一條短的胺基酸鏈——比小分子大，卻遠小於蛋白質。胜肽能呈現出一個大而特異的結合面，因而很適合干擾那些讓小分子束手無策的蛋白質–蛋白質交互作用。胰島素和 GLP-1 類藥物都是胜肽。但有兩個弱點如影隨形：它們會被體內的蛋白酶迅速降解（代謝穩定性差、半衰期短），且過大、過於極性，口服生物利用度很差。
化學予以反擊。透過把天然胺基酸替換為非天然胺基酸、對肽鏈進行「訂書針」交聯，或構建大環（閉合的環狀結構），化學家得以阻擋蛋白酶並使構象更為剛硬。擬肽更進一步，用一個更具類藥性、更穩定的骨架來模擬胜肽的關鍵接觸。這些手段已把少數胜肽推進到每週一次注射、甚至口服的劑型。
寡核苷酸：作用於訊息，而非蛋白質
寡核苷酸療法是一段短的 DNA 或 RNA，透過鹼基配對來識別靶點——正是 A 配 T、G 配 C 這套支配遺傳學的邏輯。它不去阻斷已生成的蛋白質，而是在上游一步、作用於信使 RNA。反義寡核苷酸結合其互補的 mRNA，要麼標記其待降解，要麼改變其剪接方式。siRNA則劫持一台天然的細胞機器（RISC）來切碎匹配的 mRNA。
巨大的優勢在於：設計幾乎是可編程的。一旦知道基因序列，就知道了藥物序列——你能標靶那些根本沒有口袋的蛋白質，因為你從不觸碰蛋白質本身。難處在於遞送。裸露的寡核苷酸不穩定，且無法進入大多數細胞。化學家以兩種方式解決：一是改造骨架（硫代磷酸酯鍵、糖基修飾）以增穩；二是連接一個標靶標籤（如 GalNAc），將藥物專門引導進入肝細胞。