II相：栓上一個可溶的錨
一旦I相暴露出活性把手——通常是羥基、胺基或羧酸——II相代謝便接手。這就是結合反應：酶把一個大而高度極性的基團從活化的輔因子轉移到藥物上。結果幾乎總是更水溶、通常失活，並準備好被排出。結合反應是身體在分子上寫下*已完成，請清除*的方式。
最常見的結合反應是葡萄糖醛酸化，由UGT酶執行，將一種糖酸（葡萄糖醛酸）連接上去，生成體積大、帶電荷的葡萄糖醛酸苷。其他II相途徑包括硫酸化、乙醯化、甲基化和穀胱甘肽結合——最後一種對清除危險的活性物質尤為重要，下一篇指南會講到。
首過的關卡
現在跟隨一個口服劑量。藥片溶解後，藥物穿過腸壁被吸收——但引流腸道的血液並不直接流向全身，而是先經門靜脈進入肝臟。所以在任何一個分子到達心臟和體循環之前，它必須挺過兩波代謝：腸壁中的酶，然後是肝臟全部的代謝威力。這種進入體循環前的損失就是首過效應。
一種藥物可能被完美吸收，但若首過把大部分摧毀，其口服生物利用度仍然很糟。這就是為什麼有些藥物作為注射劑有效卻作為片劑失敗，以及為什麼被大量代謝的分子可能需要遠大於靜脈劑量的口服劑量。高首過清除率還使藥物的血藥濃度易受任何改變肝酶活性因素的影響——這是許多藥物相互作用的基礎。