為什麼單看效力會被騙
幾乎總能透過把分子做得更大、更油來讓它結合得更緊——再接一個環、加一條親脂尾巴、填滿更多口袋。IC50 改善了，大家都在慶祝。但如果每一次效力提升都來自增加的分子大小和親脂性，你就在悄悄構建一個將會難溶、代謝不穩定且濫交（脫靶）的分子。這種緩慢的漂移有時被稱為分子肥胖。
效率指標解決這個問題的辦法，是不問「多有效？」，而問「每單位代價有多有效？」最重要的兩個代價是分子大小和親脂性，由此得到兩個指標。
配體效率：每個原子的效力
配體效率（LE）用重原子（非氫原子）數目來歸一化結合能。大致上，LE = 1.37 × pIC50 /（重原子數），單位是每個原子的 kcal/mol。一個結合一般的小片段可以有極好的 LE；一個結合很緊的龐大分子卻可能 LE 很差。LE 告訴你：你加的每一個原子是否對得起它佔的位置。
Compound A: IC50 = 100 nM (pIC50 = 7.0) heavy atoms = 18 LE_A = 1.37 x 7.0 / 18 = 0.53 kcal/mol per atom (good) Compound B: IC50 = 10 nM (pIC50 = 8.0) heavy atoms = 38 LE_B = 1.37 x 8.0 / 38 = 0.29 kcal/mol per atom (poor) B is 10x more potent but far less efficient: the extra 20 atoms bought only one log of potency.
親脂效率：扣除油性後的效力
親脂配體效率（LipE，也寫作 LLE）更簡單，並且可以說是優化中最有用的單一數字：LipE = pIC50 −logP（或logD）。它獎勵來自特異性相互作用的效力——一個真正的氫鍵、一座鹽橋、良好的形狀契合——而懲罰那種僅僅靠油性得來的效力。大多數好的口服藥 LipE ≥ 5 左右，而一個健康的系列會隨時間顯示 LipE 上升。