三個世代：P、F1、F2
單基因雜交只追蹤一個基因。我們從P 世代（親本）開始：純種紫花植株（PP）與純種白花植株（pp）雜交。它們的後代是F1 世代。每株 F1 從一個親本得到一個 P，從另一個親本得到一個 p，所以每株 F1 都是 Pp——雜合，因而是紫色。這正是第一篇裡白色消失之謎，如今用符號表示出來。
現在讓 F1 植株自花授粉。它們的後代是F2 世代——也就是最初親本的孫代。白色正是在這裡重現，3:1 的比例也出現在這裡。要弄清原因，我們還需要一條規則和一張圖。
分離定律
孟德爾第一定律，即分離定律，講的是：當一個生物體形成配子（卵子或花粉）時，一個基因的兩個等位基因會分開，於是每個配子只攜帶一個等位基因，隨機選取。因此一株 Pp 植物會產生數量相等的兩種配子——一半攜帶 P，一半攜帶 p。每個後代就是由父母雙方各一個配子結合而成。
龐納特方格與比例
龐納特方格是一張簡單的網格，把一個親本的每種可能配子與另一個親本的每種可能配子組合起來。對於 F1 自交（Pp × Pp），每個親本提供 P 或 p，所以網格有四個格子——而這四種等可能的組合，正是產生那個比例的根源。
Cross: Pp x Pp (F1 self-pollination)
pollen P pollen p
+---------------+---------------+
egg P | PP | Pp |
| purple | purple |
+---------------+---------------+
egg p | Pp | pp |
| purple | white |
+---------------+---------------+
Genotypes: 1 PP : 2 Pp : 1 pp
Phenotypes: 3 purple : 1 white -> 3 : 1讀這四個格子，規律一目了然。基因型比例是 1 PP : 2 Pp : 1 pp。但由於 PP 和 Pp 看上去都是紫色，表型比例便收縮為 3 紫 : 1 白。這就是著名的 3:1。孟德爾不是猜出來的——他在一次實驗中數了 929 株 F2，得到 705 株紫花對 224 株白花，幾乎恰好是 3:1。龐納特方格解釋了白色為何必然回來，又為何恰以這個比率回來。