開關一：DNA 甲基化
DNA 甲基化是研究最深入的標記。一種叫 DNA 甲基轉移酶的酶把一個小小的甲基基團（-CH₃）連接到一個 胞嘧啶鹼基上——幾乎總是在序列中 C 緊挨著 G 的位置，寫作 CpG。這類密集的區段稱為 CpG 島，它們聚集在許多基因起始處（啟動子）附近。
經驗法則是：啟動子上的重度甲基化通常意味著該基因被關閉。甲基標籤要麼從物理上阻擋本應開始讀取的 轉錄因子，要麼招募把 DNA 緊密包裹起來的蛋白質。這是 基因沉默的主要途徑之一。關鍵在於，這種模式在 DNA 複製時會被複製到兩條子鏈上，所以「關閉」的記憶能在細胞分裂後存續。
Unmethylated promoter (CpG island):
5'- ...C G...C G...C G... -3' <- transcription factors land
| | | -> GENE ON
Methylated promoter:
5'- ...Cme G...Cme G...Cme G -3' <- factors blocked, DNA packed
x x x -> GENE OFF (silenced)開關二：組蛋白與染色質
DNA 並非自由漂浮。它纏繞在線軸般的 組蛋白上，每個「線軸加 DNA」單元就是一個 核小體；串在一起便構成 染色質。組蛋白有伸出的柔性「尾巴」，細胞會用化學標籤裝飾這些尾巴——統稱 組蛋白修飾。有些標籤（如某些乙醯基）放鬆包裝，使基因變得可讀；另一些則收緊包裝，使基因沉寂。
當馬達蛋白主動滑動、彈出或重新包裝核小體，以暴露或隱藏某個基因時，這一過程稱為 染色質重塑。開放、鬆散包裝的染色質通常是活躍的；緊密濃縮的染色質通常是沉默的。甲基化與組蛋白標記之間不斷對話——一個甲基標籤能吸引收緊組蛋白的酶，從兩個方向鎖定「關閉」狀態。